女系天皇（にょけいてんのう）とは、日本において母のみが皇統に属する天皇を指す呼称であり、また、「母系天皇」と称されることもある。実際にはこの理由のみで即位した天皇は歴史上一度も存在しない。
なお、「じょけい」と呼ぶのは間違い。対義語の男系も「だんけい」ではなく「なんけい」と呼ぶ。[要出典]
語句の類似から、単に女子の天皇を指す女性天皇と混同されることも多いが、天皇家の血筋についての「女系天皇」と、天皇個人の性別についての「女性天皇」とは異なる概念である。その天皇自身が男か女かという性別とは関係がなく、概念上女系男性天皇と女系女性天皇の両方が存在しうる。
『古事記』、『日本書紀』やその他歴史書の表向きの記載によれば、日本の皇統は初代神武天皇から現在の第125代今上天皇まで男系の血筋のみで続いてきたとされる（いわゆる「万世一系」、ただし信憑性については諸説あり、高群逸枝などの民俗学者は古代が母系制であったことを主張している）。万世一系の立場からは、女系天皇は即位しても神武天皇以来の皇統に属さず、その結果として日本史上初の王朝交代が生じる、ということになる。
女系天皇 [編集]
「天皇の男系子孫のみが皇位を継承できる」というのは、明治期にそれまでの継承経緯とされるものを元に成立したものである。
一般に女性天皇は過去に8人10代存在するとされ、その内の6人8代は6世紀末から8世紀後半に集中するが、いずれも天皇または皇子を父に持つことは事実である。また、未婚（生涯独身）か天皇・皇太子の元配偶者（未亡人、再婚せず）かのいずれかであったとされている（下掲系図を参照）。当時も、皇族女子が非皇族男子と結婚すれば必ず皇籍を離れねばならず、その間に生まれた子が皇位を継ぐことはなかったとされる。女性皇族と非皇族男子との間の子に皇位継承権がなかったとの事実も、あったとの事実もまた確認されていないが、当時女性皇族を母に持つ人間は「宮腹」と呼ばれ、普通の貴族より高貴な存在と目されていた。また、欽明から推古、斉明にかけての系譜にも少なからず改ざん・造作が行われたとの説もあり、系譜自体も慎重な検討が必要であるとする説もある。
それ以前の皇統については、折口信夫の主張する中天皇論等を考慮すれば、女系天皇（純然たる女系あるいは男系でなく双系という意見もある）であった可能性も少なくないとの説もある。
明治以前は、天皇が在位していない期間に天皇として役割を果たした神功皇后を天皇とみなしていた。ほかにも、飯豊皇女や春日山田皇女なども政治を司ったという意味で天皇ではなかったかの考え方もある。さらに徹底して、折口信夫の中天皇あるいは民俗学者がいうヒメ・ヒコ制で歴史を整理すれば、『古事記』・『日本書紀』の矛盾の多くが解決し、巨大古墳の被葬者の治定も容易に定まることになるとする意見もある。
なお、第38代天智天皇、第40代天武天皇、第42代文武天皇など女性天皇の子が即位した例もあるが、その子の父親すなわち女性天皇の夫もまた天皇・皇太子である（下掲系図を参照）。また、歴史学界からは相手にされない説であるが、鎌倉時代の『一代要記』、南北朝時代の『本朝皇胤紹運録』に記載の天武の年齢に基づくと、天武は天智より4歳年長であると解釈できることから、一部の研究家により第40代天武天皇の父親は第34代舒明天皇でないとする仮説（佐々克明、小林恵子、大和岩雄ら）が提唱されており、その場合父親が誰であろうと母親が第37代斉明天皇であったことが皇位継承の条件であったことになるとの主張もあるが、これは仮説であり正式なものとはされていない。しかしこの説によるならば、その系譜から第38代天智天皇らも男系ではなく女系の天皇と見なすこともできる。『古事記』、『日本書紀』にはさまざまな造作が加えられているとされるが、その問題の1つには天皇が男系で継承されてきたように記した点である。古代、氏族としての帰属は父系を原則としていたのは事実としても、生活習慣は基本的に母系制であり、家の継承が常に父系的に行われていたとは考えられないのではないだろうか、ということである（その後の時代も婿養子という制度は残されている）。
現在の日本においては、結婚した夫婦は民法上どちらかの姓を名乗り、その子もその姓を名乗ることとなっているが、現状でそのほとんどが男子（父）の姓を名乗っている。姓をもって家の継承と見なすならば国民においても男系継承が一般的であるといえるが、婿養子あるいは娘の子が跡を継ぐことも少ないながら存在し、かつての女系継承の残滓ともいえるものも見受けられる。
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